Марина Брусникина родилась в 1961 году в Москве. В 1982 году окончила Школу-студию МХАТ (курс Олега Ефремова). В 1985 году была принята в труппу Московского Художественного театра имени А. П. Чехова. С 2002 года – режиссер-педагог МХТ, в 2009–2023 гг.– помощник художественного руководителя. С 1988 года преподает сценическую речь в Школе-студии МХАТ, с 2002 года – мастерство актера; заведует кафедрой сценической речи.
Поставила дипломные спектакли «Ай да Пушкин» (курс Константина Райкина, 2003), «Майская ночь, или Утопленница» (курс Игоря Золотовицкого, 2005), «Белые ночи» (курс Дмитрия Брусникина и Романа Козака, 2007), «Гамлет» (курс Константина Райкина, 2008), «Война и мир» (курс Игоря Золотовицкого, 2009), «Поле» и «Маленькие трагедии» (курс Дмитрия Брусникина и Романа Козака, 2011).
С 2018 года – художественный руководитель театра «Практика», где выпустила спектакли «Наташина мечта», «Человек из Подольска Серёжа очень тупой», «Мороз, Красный нос», «Посадить дерево», «Поле», «В кольцах».
С 2023 года – главный режиссер Российского академического молодежного театра, где поставила спектакли «Лада, или Радость», «Кот стыда», «Дни Савелия», «Здесь дом стоял», «Лето Господне».
В числе других постановок Марины Брусникиной – «Пролетный гусь», «Сонечка», «Легкий привкус измены», «Белое на черном», «Солнце сияло», «Река с быстрым течением», «Дворянское гнездо», «Письмовник», «Деревня дураков», «Боюсь стать Колей», «Полярная болезнь» (МХТ имени А. П. Чехова); «Бубен верхнего мира», «Прекрасность жизни», «Цыганы», «А я пойду по улице, по улице...» (Театр имени А. С. Пушкина); «Бальзаминов», «Ай да Пушкин» («Сатирикон»); «Скажите, люди, куда идет этот поезд…», «Уроки сердца» («Современник»); «Епифанские шлюзы» (Театр Олега Табакова); «Я, бабушка, Илико и Илларион» (Театр Моссовета); «Русский крест», «Прыг-скок, обвалился потолок» (Театр наций); «Приглашение на казнь» (МДТ имени М. Н. Ермоловой); «Грех да беда на кого не живёт» (театр Et Cetera); «Калина красная» (Театр на Малой Бронной) и др.
Заслуженная артистка России, лауреат Государственной премии Российской Федерации (2003). Награждена медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени (2010).
Удостоена Премии народного артиста СССР М. И. Царева в номинации «За успешное воспитание актерской смены» (2009), премии «Хрустальная роза Виктора Розова» и премии Олега Табакова за литературный цикл «Мхатовские вечера. Круг чтения» (2015), премии Правительства РФ в области культуры за создание спектакля «Лада, или Радость» (2016), Международной премии Станиславского в номинации «Театральная педагогика» (2017).